diff --git a/fastapi_app.py b/fastapi_app.py
index 116f11e..555f409 100644
--- a/fastapi_app.py
+++ b/fastapi_app.py
@@ -639,11 +639,11 @@ async def get_cached_projects():
 async def remove_project_cache(unique_id: str):
     """移除特定项目的缓存"""
     try:
-        success = agent_manager.remove_cache_by_unique_id(unique_id)
-        if success:
-            return {"message": f"项目缓存移除成功: {unique_id}"}
+        removed_count = agent_manager.remove_cache_by_unique_id(unique_id)
+        if removed_count > 0:
+            return {"message": f"项目缓存移除成功: {unique_id}", "removed_count": removed_count}
         else:
-            return {"message": f"未找到项目缓存: {unique_id}", "removed": False}
+            return {"message": f"未找到项目缓存: {unique_id}", "removed_count": 0}
     except Exception as e:
         raise HTTPException(status_code=500, detail=f"移除项目缓存失败: {str(e)}")
 
diff --git a/modified_assistant.py b/modified_assistant.py
index 137a58f..20b9108 100644
--- a/modified_assistant.py
+++ b/modified_assistant.py
@@ -148,7 +148,7 @@ def read_mcp_settings():
     return mcp_settings_json
 
 
-def update_agent_llm(agent, model_name: str, api_key: str = None, model_server: str = None, generate_cfg: Dict = None, system_prompt: str = None, mcp_settings: List[Dict] = None):
+def update_agent_llm(agent, model_name: str, api_key: str = None, model_server: str = None, generate_cfg: Dict = None):
     """动态更新助手实例的LLM和配置，支持从接口传入参数"""
     # 获取基础配置
     llm_config = {
@@ -163,15 +163,6 @@ def update_agent_llm(agent, model_name: str, api_key: str = None, model_server:
     
     # 动态设置LLM
     agent.llm = llm_instance
-    
-    # 更新系统消息（如果提供）
-    if system_prompt:
-        agent.system_message = system_prompt
-    
-    # 更新MCP设置（如果提供）
-    if mcp_settings:
-        agent.function_list = mcp_settings
-    
     return agent
 
 
diff --git a/utils/file_loaded_agent_manager.py b/utils/file_loaded_agent_manager.py
index 52f377a..5d974f9 100644
--- a/utils/file_loaded_agent_manager.py
+++ b/utils/file_loaded_agent_manager.py
@@ -39,9 +39,27 @@ class FileLoadedAgentManager:
         self.creation_times: Dict[str, float] = {}  # 创建时间记录
         self.max_cached_agents = max_cached_agents
     
-    def _get_cache_key(self, unique_id: str) -> str:
-        """获取 unique_id 的哈希值作为缓存键"""
-        return hashlib.md5(unique_id.encode('utf-8')).hexdigest()[:16]
+    def _get_cache_key(self, unique_id: str, system_prompt: str = None, mcp_settings: List[Dict] = None) -> str:
+        """获取包含 unique_id、system_prompt 和 mcp_settings 的哈希值作为缓存键
+
+        Args:
+            unique_id: 项目的唯一标识符
+            system_prompt: 系统提示词
+            mcp_settings: MCP设置列表
+
+        Returns:
+            str: 缓存键的哈希值
+        """
+        # 构建包含所有相关参数的字符串
+        cache_data = {
+            'unique_id': unique_id,
+            'system_prompt': system_prompt or '',
+            'mcp_settings': json.dumps(mcp_settings or [], sort_keys=True)
+        }
+
+        # 将字典转换为JSON字符串并计算哈希值
+        cache_str = json.dumps(cache_data, sort_keys=True)
+        return hashlib.md5(cache_str.encode('utf-8')).hexdigest()[:16]
     
     def _update_access_time(self, cache_key: str):
         """更新访问时间（LRU 管理）"""
@@ -106,7 +124,7 @@ class FileLoadedAgentManager:
         final_system_prompt = load_system_prompt(project_dir, language, system_prompt, robot_type, unique_id)
         final_mcp_settings = load_mcp_settings(project_dir, mcp_settings, unique_id)
 
-        cache_key = self._get_cache_key(unique_id)
+        cache_key = self._get_cache_key(unique_id, final_system_prompt, final_mcp_settings)
         
         # 检查是否已存在该助手实例
         if cache_key in self.agents:
@@ -114,7 +132,7 @@ class FileLoadedAgentManager:
             agent = self.agents[cache_key]
             
             # 动态更新 LLM 配置和系统设置（如果参数有变化）
-            update_agent_llm(agent, model_name, api_key, model_server, generate_cfg, final_system_prompt, mcp_settings)
+            update_agent_llm(agent, model_name, api_key, model_server, generate_cfg)
             
             logger.info(f"复用现有的助手实例缓存: {cache_key} (unique_id: {unique_id}")
             return agent
@@ -180,27 +198,44 @@ class FileLoadedAgentManager:
         logger.info(f"已清空所有助手实例缓存，共清理 {cache_count} 个实例")
         return cache_count
     
-    def remove_cache_by_unique_id(self, unique_id: str) -> bool:
-        """根据 unique_id 移除特定的缓存
+    def remove_cache_by_unique_id(self, unique_id: str) -> int:
+        """根据 unique_id 移除所有相关的缓存
+
+        由于缓存key现在包含 system_prompt 和 mcp_settings，
+        一个 unique_id 可能对应多个缓存实例。
         
         Args:
             unique_id: 项目的唯一标识符
             
         Returns:
-            bool: 是否成功移除
+            int: 成功移除的实例数量
         """
-        cache_key = self._get_cache_key(unique_id)
+        keys_to_remove = []
         
-        if cache_key in self.agents:
-            del self.agents[cache_key]
-            del self.unique_ids[cache_key]
-            del self.access_times[cache_key]
-            del self.creation_times[cache_key]
-            
-            logger.info(f"已移除特定 unique_id 的助手实例缓存: {unique_id}")
-            return True
+        # 找到所有匹配的 unique_id 的缓存键
+        for cache_key, stored_unique_id in self.unique_ids.items():
+            if stored_unique_id == unique_id:
+                keys_to_remove.append(cache_key)
+
+        # 移除找到的缓存
+        removed_count = 0
+        for cache_key in keys_to_remove:
+            try:
+                del self.agents[cache_key]
+                del self.unique_ids[cache_key]
+                del self.access_times[cache_key]
+                del self.creation_times[cache_key]
+                removed_count += 1
+                logger.info(f"已移除助手实例缓存: {cache_key} (unique_id: {unique_id})")
+            except KeyError:
+                continue
+
+        if removed_count > 0:
+            logger.info(f"已移除 unique_id={unique_id} 的 {removed_count} 个助手实例缓存")
+        else:
+            logger.warning(f"未找到 unique_id={unique_id} 的缓存实例")
         
-        return False
+        return removed_count
 
 
 # 全局文件预加载助手管理器实例